为进一步加强村卫生室运行管理，5月17日，肥东县召开规范村卫生室运行会议，对实行乡村卫生服务一体化管理的办法进行解读和强调，对村卫生室可能发生的违规行为给予警告。2008-2010年，该县连续建成310个标准化村卫生室，并及时投入使用，实施乡村卫生服务管理一体化。从2010年9月1日起，所有村卫生室实施基本药物制度，所有药品实行网上采购和零差率销售。
按照乡村卫生服务一体化管理办法规定，对擅自网下采购药品、药品零差价销售执行不到位、药品进销管理不到位及信息系统外收费、销售药品和不及时给参合居民报销补偿等违规行为，发现一起即扣除村卫生室全年20%的药品零差率销售补助资金，被查处两次的，将直接解聘村卫生室主任职务。
从2012年起，肥东县对村医实施“双千工程”。村卫生室实施基本药物制度后，为保证在村卫生室执业的村医合理收入不降低，根据村卫生室和村医提供服务的数量、质量，多渠道予以补偿。该县要求，每个村医每年要完成1000人次的基本医疗服务任务，完成或配合所在地乡镇卫生院完成1000人次的公共卫生服务任务。每年7月初预拨35%国家基本公共卫生服务经费(2012年为人均8.75元)的一半给村卫生室，年终根据考核实际工作量进行结算支付;对村卫生室实行药品零差率补助，在省财政按每1000个农业户籍人口每年补助村卫生室5000元的基础上，县财政配套补助3350元。2012年，我县发放村卫生室公共卫生服务经费759.5万元，发放药品零差率销售补助经费803.2万元，均由县医疗卫生财务核算中心打卡发放到村医个人银行账户。2012年村卫生室门诊人次为75万，合作医疗共补偿777万元，其中一般诊疗费共补偿331万元。
